由于池的作用主要是发酵、沉卵、截留沉渣及浮渣，但其厌氧发酵无法达到充分杀灭病原菌和寄生虫卵的要求，所以有必要设置第二池，以补充池的不足，使粪液经过第二池处理后，流出的粪水能达到粪便无害化的基本要求。为此，要在第二池创造一个更好的厌氧发酵和沉卵环境。
 

　　由于第二池不像池那样受到进粪时的强烈扰动，而只是受到经连通管从池流过来的粪液轻轻冲击，只要第二池同样建造得密封严密，便可使第二池有个较宁静的厌氧环境。由池流人第二池的粪液，在相对宁静的厌氧环境下能进一步发酵，虫卵比池更快地沉入池底。同时，经第二池深度厌氧发酵后，游离氨浓度上升，杀菌能力提高；另外，为细菌提供隐蔽的粪皮和粪渣显著减少，而粪液中的有机物含量仍旧很高，杂菌之间的拮抗作用仍旧存在，从而使有机代谢产物对病原菌及病毒能进一步发挥“杀灭作用”。故相比之下，第二池的灭菌效果和沉卵效果要稍高于池，按其生物学作用，池以发酵和沉卵为主，第二池以灭菌为主。
 

　　在设计上，应充分防止粪块、粪皮和粪渣流人第二池，由于主要发酵量已在池内完成。因此在第二池内粪液的平均停留时间相对可以短一些，也就是说，池的容积可以稍小于池。但在具体设计时，要为水冲式户厕在池内进行粪便发酵时，易能形成较厚的粪皮创造条件，同时又要为施工时便于作业，所以采取不缩小池容积，相应扩大第二池容积，不改变二池总的发酵停留时间的办法来实现。